ساخت این بنا به نقل عالم معاصرمحدث نوری به فردی به نام شیخ حسن بن مثله جمکرانی مربوط می‌شود، به گفته او که در بیداری با امام دوازدهم شیعیان، مهدی دیدار کرده است و حجت بن حسن دستور ساخت مسجد را به وی داده است.
در میان شیعیان بحث‌های زیادی در خصوص ملاقات با امام زمان مطرح است. عده‌ای با استناد به روایاتی، آن را در خواب ممکن می‌دانند. دریافت نامه از امام زمان پس از غیبت کبری نیز مورد قبول بسیاری از شیعیان است، آن‌چنان‌که نامه و توقیع رسیده به شیخ مفید -حدود یک قرن پس از غیبت کبری- از نظر شیعیان مورد تردید واقع نشده است.
اما عده‌ای از جمله برخی از معاصرین، با استناد به نامه‌ای که حجت بن حسن مهدی به آخرین وکیل خویش ارسال نموده است، که شیعیان به توقیع ناحیه مقدسه از آن نام می‌برند، مشاهده امام زمان در بیداری را بر خلاف نامه منسوب به مهدی می‌دانند، در بخشی از این نامه آمده است:غیبت کامل آغاز شد و پس از آن ظهوری نخواهد بود، مگر به‌فرمان خداوند.. به‌زودی برخی از شیعیان من ادعا خواهند کرد که مرا دیده‌اند، آگاه باشید که هر کس قبل از خروج سفیانی و صیحه آسمانی ادعای مشاهده مرا کند، دورغگو و تهمت زننده است..
با این‌حال عده بسیاری از جمله شیخ عباس قمی در مفاتیح الجنان و
پیش از او محدث نوری در کتاب خود، با ذکر سند، داستانهای بسیاری از
ملاقات افراد با امام زمان نقل می‌کنند و با استناد به روایاتی،
ملاقات با حضرت مهدی در بیداری را امکان‌پذیر می‌دانند.
سید حسن ابطحی در مقدمه کتاب ملاقات با امام زمانخود که ده‌ها بار
تجدید چاپ شده اشاره‌ای به این توقیع نموده و سعی در اثبات این موضوع
دارد که منظور از ادعای مشاهده مطرح شده در این نامه مشاهده‌ای توأم
با ادعای ارتباط دائمی و بابیت و نمایندگی است که طبعاً به واسطه آغاز
غیبت کبری پایان یافته و الا مشاهده فردی که در بدن مادی است و در بین
مردم زندگی می‌کند نه‌تنها ممکن بلکه کاملاً عادی است و بارها اتفاق
افتاده است.
برخی نیز برای تأیید این مسجد، داستان‌هایی از برخی علماء بزرگ شیعیان هم‌چون آیت‌الله بروجردی نقل کرده‌اند.
حسن بن مثله جمکرانی در روایت مشهوری که به‌نظر می‌آید تنها سند موجود و معتبر [] برای ساخت این مسجد باشد چنین می‌گوید:من شب سه شنبه، ۱۷ ماه مبارک رمضان سال ۳۹۳ ق در خانه خود خوابیده بودم که ناگاه جماعتی از مردم به در خانه من آمدند و مرا از خواب بیدار کردند و گفتند:برخیز و مولای خود، مهدی را اجابت کن که تو را طلب نموده است.
آنها مرا به محلی که اکنون مسجد جمکران است آوردند، چون نیک نگاه کردم، تختی دیدم که فرشی نیکو بر آن تخت گسترده شده، جوانی سی ساله بر آن تخت تکیه بر بالش کرده و پیرمردی هم نزد او نشسته است، آن پیر، خضر نبی بود که مرا امر به نشستن نمود، حضرت مهدی مرا به نام خودم خواند و فرمود:برو به حسن مسلم (که در این زمین کشاورزی می‌کند) بگو، این زمین شریفی است و حق تعالی آن را از زمین‌های دیگر برگزیده است و دیگر نباید در آن کشاورزی کند. عرض کردم: یا سیدی و مولای! لازم است که من دلیل و نشانه‌ای داشته باشم و گرنه مردم حرف مرا قبول نمی‌کنند.
فرمود: تو برو و آن رسالت را انجام بده، ما نشانه‌هایی برای آن قرار می‌دهیم، و همچنین نزد سید ابوالحسن (یکی از علمای قم) برو و به او بگو حسن مسلم را احضار کند و سود چند ساله را که از زمین به دست آورده است، وصول کند و با آن پول در این زمین مسجدی بنا نماید. به مردم بگو به این مکان رغبت کنند و آنرا عزیز دارند و چهار رکعت نماز در آن گزارند. آنگاه امام فرمودند: هر که این دو رکعت نماز را در این مکان (مسجد جمکران) بخواند مانند آن است که دو رکعت نماز در کعبه خوانده باشد.چون به راه افتادم، چند قدمی هنوز نرفته بودم که دوباره مرا باز خواندند و فرمودند:
'بزی در گله جعفر کاشانی است، آنرا خریداری کن و بدین مکان آور و آنرا بکش و بین بیماران انفاق کن، هر بیمار و مریضی که از گوشت آن بخورد، حق‌تعالی او را شفا دهد.حسن بن مثله جمکرانی می‌گوید: من به خانه بازگشتم و تمام شب را در اندیشه بودم، تا اینکه نماز صبح را خوانده و به سراغ علی المنذر رفتم و ماجرای شب گذشته را برای او نقل کردم و با او به همان مکان شب گذشته رفتیم، و در آنجا زنجیرهایی را دیدیم که طبق فرموده امام حدود بنای مسجد را نشان می‌داد.
حسن بن مثله، از جمکران نزد تو می‌آید، هر چه او گوید، تصدیق کن و به قول او اعتماد نما، که سخن او سخن ماست و قول او را رد نکن.
سپس به قم نزد سید ابوالحسن رضا رفتیم و چون به در خانه او رسیدیم، خادم او گفت: آیا تو از جمکران هستی؟ به او گفتم: بلی! خادم گفت: سید از سحر در انتظار تو است. آنگاه به درون خانه رفتیم و سید مرا گرامی داشت و گفت: ای حسن بن مثله من در خواب بودم که شخصی به من گفت:از هنگام بیدار شدن تا این ساعت منتظر تو بودم، آنگاه من ماجرای شب گذشته را برای وی تعریف کردم، سید بلافاصله فرمود تا اسب‌ها را زین نهادند و بیرون آوردند و سوار شدیم، چون به نزدیک روستای جمکران رسیدیم، گله جعفر کاشانی را دیدیم، آن بز از پس همه گوسفندان می‌آمد، چون به میان گله رفتم، همینکه بز مرا دید به طرف من دوید، جعفر سوگند یاد کرد که این بز در گله من نبوده و تاکنون آنرا ندیده بودم، به هر حال آن بز را به محل مسجد آورده و آن را ذبح کرده و هر بیماری که گوشت آن تناول کرد، با عنایت خداوند تبارک و تعالی و حضرت بقیةالله ارواحنا فداه شفا یافت.
ابوالحسن رضا، حسن مسلم را احضار کرده و منافع زمین را از او گرفت و مسجد جمکران را بنا کرد و آن را با چوب پوشانید.
سپس زنجیرها و میخ‌ها را با خود به قم برد و در خانه خود گذاشت، هر بیمار و دردمندی که خود را به آن زنجیرها می‌مالید، خدا او را شفای عاجل[سریع] می‌فرمود، پس از فوت سید ابوالحسن، آن زنجیرها ناپدید شد و دیگر کسی آنها را ندید.
بسیاری از شیعیان شب چهارشنبه از روزهای هفته و شب نیمه شعبان - تولد مهدی - از روزهای سال را به این مسجد می‌روند و اعمال آنرا بجا می‌آورند. اعمال آن دو رکعت نماز تحیت مسجد است و دو رکعت نماز که به نماز امام زمان مشهور است به شیوه‌ای خاص بجای آورده می‌شود.
