موزه تاریخ استونی(به استونیایی: Eesti Ajaloomuuseum) موزه درباره تاریخ کشور استونی است که در شهر تالین قرار دارد.
این موزه توسط دکتر یوهان بورچارد (۱۷۷۶ – ۱۸۳۸) در نیمه اول قرن ۱۸ میلادی پایهگذاری شده است و وسایلی از ارتش استونی همانند لباسهای فرم و اسلحه در آن نگهداری میشود.